為了適應世界制革科學與相關領域發展的需要，鑒于四川大學皮革工程系實際發展的狀況，經2004年8月14日皮革工程系學術委員會暨皮革工程系全體教授擴大會議研究，并報上級部門批準，皮革工程系更名為“生物質與皮革工程系（Biomass and Leather Engineering Department）”。
生物質科學與工程是涉及生物質（包括動物生物質和植物生物質）形成、結構與性能以及在一定條件下轉化為其它物質的基本規律的邊緣、新興學科，同時又是一門運用現代高新技術，科學、經濟、潔凈、有效地利用新生物造福于人類的一切科技和生產活動的科學。皮革工程系的更名有利于在原基于動物生物質基礎的皮革化學與工程學科拓寬到整個生物質領域，有利于用高新技術改造傳統產生，催生新的產業，開辟新的經濟增長點。生物質與皮革工程系的新系名體現了保持傳統優勢學科和發展新興交叉學科的雙重含義。
四川大學生物質與皮革工程系現設本科專業2個：“輕化工程（該專業新增設皮革商貿方向和革制品設計與管理方向）”、“輕工生物技術”；碩士學位授權點2個：“皮革化學與工程”、“發酵工程”；“輕工技術與工程”工程碩士招生點1個；“皮革化學與工程”博士學位授權點1個；并且是“輕工技術與工程”博士后流動站所在系之一。本系是該學科國內最先設立的博士授權點和唯一的輕工技術與工程博士后流動站，現已接受國外博士后研究人員進站。該系的皮革化學與工程學科于1988年被列入國家重點學科建設、國家“211工程”重點建設學科，是國內A++級學科。皮革化學與工程學科于2001年被國家“211工程”建設評審驗收組評為優秀并認為已達到國內一流、國際知名水平。由于系承擔的“十五”“211工程”子項目“生物質化學、皮革及環境保護”已完成第一、二階段建設工作。
